二、跨行政区创新体系的作用与意义
(一)打破行政壁垒，加强创新协作
行政壁垒主要包括户籍和社会制度方面的壁垒、行政监管与执法方面的壁垒、金融服务方面的壁垒、产权市场方面的壁垒等，这些壁垒阻碍了创新主体和创新资源有序流动，不利于地区之间创新资源互补与创新合作。跨行政区创新体系的形成将有利于加强区域之间的创新合作，加快创新要素的流动，有利于打破行政壁垒，优化大区域创新资源的配置，提高大区域创新体系和国家创新体系的整体效率，增强大区域科技创新国际竞争力。
(二)整合和优化配置资源，推动集成创新
如同一个地区没有必要形成一个完整的产业体系一样，一些地区无法形成区域创新体系，也没有必要形成一个完善的创新体系。几个区域形成跨行政创新体系可在更大范围、更广领域和更高层次上整合和优化配置创新资源，更为充分地利用与发挥各地区优势。并且，跨行政区创新体系的形成，可以集中力量大创新，推动集成创新，形成某些领域上的超前创新优势。
(三)有利于应对创新全球化与复杂化的挑战
在创新和竞争日益国际化、全球化的时代，一个区域的创新体系也许无法拥有全面优势，多区域合作而形成的跨行政区创新体系有利于整合创新资源，增强大区域的整体创新能力，应对国际竞争与挑战。
同时，创新的日益复杂化要求多区域、多部门的合作。一个地区也许无法完成一项创新或无法形成一条完整的创新链，但多区域联合而产生的跨行政区创新体系可以集中资源(包括人力、物力、资金、环境等)推动创新的形成。