四、跨行政区创新体系建设的障碍与问题
(一)行政壁垒突出
区域创新体系的核心在于知识的流动，在于创新联系与相互协作。但随着市场经济的发展，地方政府市场观念和地区竞争意识在逐步加强，为加快地方经济发展，各级地方政府都在努力向本地吸引资源和资本、技术和人才等生产要素，政府体系中实际上表现出极为明显的竞争性，(1)特别是辖区间政府的横向竞争。这种竞争在一定程度上形成了一定的行政壁垒，阻碍了知识的流动，隔断了创新联系。例如，长江三角洲15个地级以上城市分属二省一市，行政隶属关系非常复杂，地区之间的协调难度很大，长期的条块分割管理助长了各自为政的不良风气，严重干扰了地方创新协作。同时，即使在经济一体化发展势头较好的地区，也由于没有形成良好的利益分配与协调机制，一旦遇到利益冲突和矛盾，各地区仍是各自为政，各行其是。
(二)创新环境存在差异
由于行政区划是长期演化而历史形成的，各不同行政区划内的文化传统、经济基础、政策环境、创新氛围等都有较大的差异，这种差异增加了交易成本与合作成本:不同的认同感以及地方主义不利于合理公平竞争，不利于创新合作;经济基础的差异、创新环境的千差万别使各地区的创新能力差异较大;政策环境的差异也增加了创新协作的难度。
(三)共同环境建设薄弱
总体而言，跨行政区的共同基础设施还不够强大，没有形成整体布局。区内基础设施的通达性要远远高于区间，跨地区基础设施往往限于国道、铁路等，相邻地区还没有形成高速通达的交通网络。这对于创新主体与创新资源的流动是非常不利的。
共同市场建设也需时日，大部分大区域还没有形成统一市场的框架，创新要素与资源的自由流动受到影响，集批发、零售、现货和期货于一体的多功能、高层次统一的市场体系远未形成。而且，区域大都没有形成共同的政策环境，各地区政策各异，创新主体在创新合作中不能实现无缝合作。
【注释】
(1)http: www.unirule.029.cn/Acadmia/meibu01-fergxingyuan.htm，冯兴元:《中国辖区政府间竞争理论分析框架》。