如果仅以治学方向的变更来区分其一生的话,方东美大体上走过了3个阶段:1936年夏以前为第一阶段,由受中国文化、尤其是儒家文化的熏陶而走向对西方哲学的追求,其代表作为《生命情调与美感》、《科学哲学与人生》。
1966年夏以前为第二阶段,由西方逐渐返回到东方,代表这个阶段成就的著作是《哲学三慧》;
1966年夏以后进入第三阶段,其主要代表著作为《中国形上学中之宇宙与个人》、《从宗教、哲学、与哲学人性论看人的疏离》、《中国哲学精神及其发展》。方东美始终以弘扬中华文化的精神价值为学术主旨,以开放的胸襟对待中国传统文化的各种思想流派,并力图贯穿古今、统摄诸家之学。
方东美不同意宋儒所强调的“道统论”。他认为现代世界因高度物质化而丧失了宗教精神和哲学智慧,主张落实儒家的人生价值,以不断提升生命的意义,从而达到拯救现代人类的目的。