正文中参考文献的标注大致可划分为3种基本的体例类型: 著者-出版年体系(name - yearsystem)、顺序编码体系(citation -order system或citation -sequence system)和著者-数字(顺序编码)体系(alphabet - number system)。
不同学会或出版机构对引文体系的要求差异很大, 在生物医学期刊界具广泛影响的“生物医学期刊投稿的统一要求”积极倡导加入该联盟的期刊使用顺序编码体系; 然而, 在出版界久负盛名的《芝加哥出版手册》则强烈主张采用著者-出版年体系, 在其长达210余页的有关参考文献的详细指南中, 认为“按作者姓名的字序排列文献书目是最现实和最有用的方式” (The most practical and useful way toarrange entries in a bibliography is in alphabetical order, by author. P522)。
需要特别强调的是, 投稿前应仔细阅读拟投稿期刊的“作者须知”和期刊中的论文, 严格按要求准备文献, 以体现对期刊的尊重。如果参考文献的格式与期刊的要求差距太大, 编辑和审稿人有可能会认为这是被其他期刊退稿后的转投稿, 或者作者缺乏最起码的细心。
（1）著者-出版年体系 又称作“作者-年制”或“哈佛(Harvard)体系”。正文中文献的标注由著者姓氏与出版年构成, 文献书目中的各篇文献首先按文种分别集中, 然后按著者姓氏的字母顺序和出版年的先后来排列。该体系最初由哈佛动物学实验室(Harvard’s Zoological Laboratory)主任Mark教授于1881年构建, 并被哈佛比较动物学博物馆(Harvard’s Museum of Comparative Zoology)的图书馆采用, 这也是“哈佛体系”的由来。
著者-出版年体系的优点是对于作者很方便。由于文献没有编号, 所以很容易增删。无论文献被修改多少次, 文献的标注符号永远不变。该体系的缺点是当需要引用大量文献时, 读者常常要跳越多行引文标注才能连接到下面的正文, 从而影响到注意力的连贯性和阅读速度; 并且, 该体系的文献标注需要占用更多的版面, 从而增加印刷成本。
（2）顺序编码体系 又称作“数字制(Number system)”或“温哥华(Vancouver)体系”。正文引用的文献按其出现的先后顺序连续编码, 并将序号置于方括号“[ ]”或圆括号“( )”中。引用多篇文献时, 只须将各篇文献的序号在括号内全部列出, 各序号间用“,” (连续序号可只标注起止序号)。文献书目中的各篇文献按其在正文出现的标注序号依次列出。1978年1月有19种国际医学期刊的编辑为了统一及简化参考文献的编排而于加拿大温哥华(Vancouver)集会, 并制定向这些期刊投稿的“统一要求”, 其中对参考文献的要求是采用“顺序编码制”, 这也是“温哥华体系”的由来。
顺序编码体系避免了著者-出版年体系的冗长, 同时也可根据正文中文献序号很快地找到文献书目中相应的文献。该体系的不便之处是增删引文会导致引文序号的混乱。
（3）著者-数字(顺序编码)体系 该体系是指正文中文献标注采用“顺序编码体系”, 文献书目的著录则采用“著者-出版年体系”(即按著者姓名的字母顺序和出版年排列)。正文中用数字序号来标引文献可节省版面, 而按字母顺序排列文献书目可方便作者和读者(尤其是图书管理员)使用文献。
著者-顺序编码体系因为吸取了著者-出版年体系和顺序编码体系的长处, 因而被一些出版机构和学术团体偏爱, 如美国微生物学会和法国科学院的系列期刊均采取这种体系。但有些编辑和作者反对采用著者-顺序编码体系, 认为该体系的引证数字序号在正文中不按正常的顺序出现, 有可能会误导读者, 即：论著撰写中应该按实际论证的展开(即顺序编码制)或文献发表的时间(即著者-年制)来告诉读者被引文献的顺序。